食品厂净化车间在使用一段时间后，其内部的设备和仪器上可能会残留一些细菌或污染物，因此定期对食品厂净化车间进行清洗消毒是非常重要的。食品厂净化车间本身就是一个比较特殊的场所，它在清洗消毒时所适用的清洁剂或消毒剂不得对设备、物料、成品产生污染。另外，食品厂净化车间，还要定期更换消毒剂种类，防止细菌产生耐药性。
一、食品厂净化车间常用的消毒剂
1、甲醛薰蒸作用机制：阻抑菌细胞核蛋白质合成。甲醛是一种常用的杀细菌和杀真菌剂。福尔马林溶液就是37—40%的甲醛水溶液。常用于保存动物标本，也可以作气体熏蒸和液体消毒。甲醛有挥发性，对眼睛、皮肤有刺激性，引起皮肤硬化或皱褶，不宜做皮肤消毒用。
2、0.1%新洁尔灭溶液作用机制：使蛋白质变性，破坏细胞膜。
3、75%酒精溶液常用于皮肤消毒。能迅速杀死细菌繁殖体，对一般病毒有一定的消毒作用。
4、5%来苏水甲酚皂溶液作用机制：损伤细胞膜 。
二、食品厂净化车间的灭菌方法
1、热力灭菌：分为干热灭菌与湿热灭菌，主要是利用高温的致死作用，使微生物的蛋白质和核酸等重要生物高分子发生变性、破坏，而导致细胞死亡。
2、气体灭菌：常用的化学消毒剂有环氧乙烷、气态过氧化氢、甲醛、臭氧（O3）等，本法适用于在气体中稳定的物品灭菌。
3、辐射灭菌: 电离辐射和电磁波辐射（包括紫外线[波长190～350nm]、红外线[波长0.77～1000μm]、微波[波长1～1000mm]）。
4、过滤灭菌:以物理的方法除去介质中的微生物。常将空气或液体中的微生物及杂质用不同材料制成的薄膜滤器过滤得到无菌、无杂质的空气或液体。滤过病毒的滤膜孔径为25 ～100nm；滤过细菌的滤膜孔径为0.22～0.45μm。
5、紫外线灭菌：紫外线辐射的穿透力很弱，因此主要用于无菌室、某些工作区的空气灭菌、物体表面灭菌。实践工作中在食品厂净化车间安装紫外灯，一般仅起杀死空气中部分微生物的作用，而不能起到完全灭菌的作用。
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